Ich bezweifel zwar, dass das das Problem löst, aber stell mal das Schneid-Mesh auf "schneidet auch die Markierung, Mesh...". Einen anderen Unterschied zu meinen Bordsteinen kann ich ansonsten nicht feststellen.
Ein Bild aus dem Edit-Mode in Blender wäre vielleicht noch Hilfreich?
Dort sollten die Faces vom Schneide-Mesh im übrigen "nach oben schauen", falls dies noch nicht der Fall ist