Sofern du ein wenig mit dem Lötkolben umgehen kannst würde ich mir den MEGA schenken und stattdessen Port-Expander-Bausteine nehmen.
Der MCP23017 beispielsweise verschafft dir 16 zusätzliche Eingänge bzw. Ausgänge. Bis zu 8 Stück lassen sich damit am I²C-Bus betreiben. Gibt auch Bibliotheken dafür, damit kommt man auf bis zu 128 zusätzliche Pins.
Mit der Joystick-Bibliothek zum Leonardo lässt sich der Fahrhebel und die Taster schonmal recht leicht einpflegen.
Bei Schaltern muss man sich ggf. mit ein paar Tricks behelfen, sodass der Schalter sich wie ein Taster ggü. dem PC verhält.
Interessant wird nachher die Ansteuerung von Tachos und Leuchtmeldern. Vllt lässt sich ja pluginmäßig was universelles umsetzen...